ค.ศ.2199 จักรวรรดิกามิลัส บังคับให้มนุษย์ยอมแพ้ด้วยการยิงระเบิดอุกกาบาตที่มีกัมมันตภาพรังสี จนมนุษย์ไม่สามารถอาศัยอยู่บนพึ้นโลกได้ ต้องลงไปอยู่ใต้ดิน และนับจากนี้อีก 1 ปี โลกจะแตกเพราะอำนาจของ ระเบิดอุกกาบาตที่มีกัมมันตภาพรังสี กองกำลังพิทักษ์โลกได้นำเรือประจัญบานยามาโตะที่ถูกยิงจมในสงครามโลกครั้งที่สอง มาดัดแปลงใช้เป็นยานอวกาศ เพื่อเดินทางไปที่ดาวอีสกันดาร์ในกาแล็คซี่อันโดรแมดา ซึ่งอยู่ห่างไป 148,000 ปีแสง โดยมีสุสุมุ โคได (ทาคุยะ คิมูระ) ลูกเรือหนุ่มแห่งยานลาดตระเวณ เป็นบุคคลสำคัญในภารกิจ เขาและเรือประจัญบานยามาโตะ จะกลับมาทันเพื่อช่วยกอบกู้โลกในครั้งนี้ได้หรือไม่